卡泊芬凈對曲霉菌屬（包括煙曲霉菌、黃曲霉菌、黑曲霉菌、構巢曲霉菌、土曲霉菌和白曲霉菌）和念珠菌屬（包括白色念珠菌、都柏林念珠菌、光滑念珠菌、吉利蒙念珠菌、乳酒念珠菌、克魯斯念珠菌、溶脂念珠菌、葡萄牙念珠菌、近平滑念珠菌、皺褶念珠菌和熱帶念珠菌）具有體外活性。醋酸卡泊芬凈能抑制許多絲狀真菌和酵母菌細胞壁β(1,3)-D-葡聚糖的合成。
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