RNA 聚合酶 III(Pol III)轉錄出需求量很大的 RNA,這些 RNA 可分為三種經典的啟動子類型,包括 1 型(5S rRNA)、2 型(tRNA)和 3 型(短鏈非編碼 RNA,如 U6、7SK 和 RNase H1)啟動子,在蛋白質合成、RNA剪接以及細胞周期調控中發(fā)揮關鍵作用。
盡管已經確定了Pol III 的轉錄起始復合物(PIC)和延伸復合物(EC)的結構,但起始階段向延伸階段過渡的機制,目前仍不清楚。
2025年6月4日,復旦大學徐彥輝研究員、陳曦子青年研究員(青年研究員王茜敏為第一作者)在國際頂尖學術期刊Nature上發(fā)表了題為:Structural insights into human Pol III transcription initiation in action的研究論文。
該研究重建了人源Pol III轉錄起始的完整動態(tài)過程,揭示了轉錄因子與聚合酶催化活性協(xié)同驅動Pol III由轉錄起始向延伸過渡的分子機制,為理解真核短鏈非編碼RNA合成的調控提供了關鍵結構基礎。
在這項最新研究中,研究團隊重新構建了七個在 U6 啟動子上停滯的人類 Pol III 轉錄復合物(TC4、TC5、TC6、TC8、TC10、TC12 和 TC13),這些復合物帶有 4-13 個核苷酸的新生 RNA。冷凍電鏡結構捕獲了初始轉錄復合物(ITC;TC4 和 TC5)和延伸復合物(EC;TC6 - 13)。
結合高錳酸鉀足跡分析的數(shù)據(jù)表明,存在廣泛的模塊重排:轉錄泡從轉錄起始復合物(PIC)擴展至轉錄復合物 5(TC5),隨后通用轉錄因子(GTF)解離,轉錄泡從 TC5 突然收縮至 TC6,標志著初始轉錄復合物(ITC)向延伸復合物(EC)的轉變。
在 TC5 階段,SNAPc 和 TFIIIB 仍與啟動子和 Pol III 結合,而 RNA-DNA 雜交體則呈傾斜構象,模板 DNA 被 TFIIIB 的一個亞基 BRF2 阻擋。在 ITC-EC 轉換期間的雜合前移位會觸發(fā) BRF2 指狀結構回縮、轉錄因子釋放以及轉錄泡坍塌。隨后,Pol III 逃離啟動子,而通用轉錄因子仍結合在上游,這有可能使轉錄重再起始。
長期以來,科學界推測Pol III起始因子在一次轉錄完成后不會立即脫離DNA,而是保留在啟動子附近,便于迅速啟動新一輪轉錄。而這項研究首次在結構層面觀察到起始因子的啟動子滯留狀態(tài),支持了轉錄再起始機制的存在。
Pol III轉錄起始模式圖
這些發(fā)現(xiàn)揭示了RNA 聚合酶 III(Pol III)在高需求小 RNA 的 3 型啟動子上的動態(tài)變化和重新啟動機制的分子層面見解,其中包含了最早記錄的 RNA 聚合酶的起始 - 延伸轉變。
論文鏈接:
https://www.nature.com/articles/s41586-025-09093-w
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