近日,ARVINAS與輝瑞宣布,已向美國FDA提交了Vepdegestrant的新藥上市申請,用于治療ESR1突變的ER+/HER2-晚期或轉(zhuǎn)移性乳腺癌患者。這是全球首個申報上市的PROTAC藥物。
PROTAC(蛋白降解靶向嵌合體)作為新一代靶蛋白降解分子,以精妙的"分子三明治"結(jié)構(gòu)重塑了藥物設計的邊界。PROTAC分子通過連接子,一端靶向目標靶蛋白,另一端結(jié)合E3泛素連接酶,給靶蛋白添加上泛素化標簽,巧妙利用泛素-蛋白酶體系統(tǒng)降解靶蛋白。
PROTAC因為其獨特的作用機制而成為創(chuàng)新藥研發(fā)的熱門研究方向,尤其是針對不可成藥的靶點,受到業(yè)界廣泛關注,被認為是突破當前小分子藥物研發(fā)瓶頸最有希望的新技術之一。
圖1 PROTAC介導的靶蛋白泛素化和蛋白酶降解的機制圖片
來源:doi:10.3390/molecules28093698
歷史演進,
從實驗室探索到臨床突破
自2001年Crews團隊合成首個MetAP2降解PROTAC以來,該領域歷經(jīng)“肽基時代”到“全小分子革命”的范式轉(zhuǎn)變。早期基于多肽的PROTAC雖具靶向優(yōu)勢,卻因分子量過大、肽鍵不穩(wěn)定等缺陷,導致存在合成和純化等諸多問題。隨后研究者采取“全小分子”的PROTAC設計,“全小分子”PROTAC通過小分子配體去募集目標蛋白和E3泛素連接酶,快速靶向降解目標蛋白,并且分子有更好的穩(wěn)定性、細胞滲透性和可合成性。
2019年,Crews創(chuàng)立的公司ARVINAS開發(fā)的用于治療前列腺癌的雄激素受體PROTAC全球首次開展臨床試驗,由此開啟臨床轉(zhuǎn)化紀元。
如今,Vepdegestrant申報上市,標志著靶向蛋白降解技術從概念驗證走向臨床應用的重大突破。
藥智數(shù)據(jù)顯示,截至目前,除Vepdegestrant外,全球已有已有超過270款PROTAC新藥處于研發(fā)階段,其中33款正處于臨床階段,昭示著這一領域的蓬勃生機。
圖2 PROTAC藥物全球研發(fā)進展狀況數(shù)據(jù)
來源:藥智數(shù)據(jù)
代謝迷局,
PROTAC研發(fā)的隱秘挑戰(zhàn)
PROTAC雖然在成藥性方面具有眾多優(yōu)勢,但是基于新型的作用機制,完全采用小分子藥物的臨床前開發(fā)策略存在很多風險,2023年國際藥物開發(fā)創(chuàng)新與質(zhì)量聯(lián)盟(IQ)靶向蛋白降解劑小組做了一項調(diào)查,針對18家研發(fā)靶向蛋白降解藥物的企業(yè),分析在臨床前開發(fā)階段大家公認的重要研發(fā)問題(圖3)。
圖3 全球PROTAC研發(fā)關鍵挑戰(zhàn)分布圖圖片
來源:DOI:10.1016/j.drudis.2023.103643
大部分企業(yè)認為理化性質(zhì)為重要研究內(nèi)容,并且均進行了評估研究;其余問題均與PROTAC的安全性研究有關,百分之七十五的企業(yè)認為PROTAC以及代謝物的脫靶毒性研究非常重要,但仍有百分之三十的企業(yè)沒有進行評估研究,可能是由于缺乏有效的評估方法,就像沙利度胺對胎兒的致畸性一樣,脫靶效應在非臨床毒性研究中不易檢測和跟蹤。
PROTAC的代謝特征以及代謝產(chǎn)物的研究比小分子的代謝研究更復雜,PROTAC結(jié)構(gòu)中的E3連接酶的種類、POI配體的穩(wěn)定性、linker的長度、連接位點以及剛?cè)嵝缘淖兓鶗绊慞ROTAC的代謝,因此研究PROTAC分子的代謝特征以及代謝產(chǎn)物時,不能簡單基于其各部分配體代謝特征的加合。
代謝解碼,
從實驗探索到智能預測
Goracci團隊2020年在《Journal of Medicinal Chemistry》的開創(chuàng)性研究揭示了PROTAC代謝的復雜圖景:連接子構(gòu)型、配體穩(wěn)定性、空間剛性等要素共同編織成精密代謝網(wǎng)絡。
研究顯示,縮短連接子長度或引入剛性結(jié)構(gòu)單元(如聯(lián)苯基團)可顯著提升代謝穩(wěn)定性,這一發(fā)現(xiàn)與optADMET成藥性預測平臺的算法推演高度吻合(圖4)。該平臺通過深度學習模型,可以預測代謝穩(wěn)定性以及代謝產(chǎn)物和產(chǎn)物比例等關鍵參數(shù)。
圖4 optADMET平臺對連接子結(jié)構(gòu)優(yōu)化的代謝穩(wěn)定性預測圖片
來源:optADMET成藥性預測平臺
PROTAC分子作為一類新的化合物分子,整體分子的代謝產(chǎn)物與單獨各部分的代謝產(chǎn)物差別非常大。以下圖5分子的代謝為例,文獻研究得出PROTAC的代謝產(chǎn)物主要集中在linker。我們利用optADMET成藥性預測平臺進行預測,與文獻基本一致,結(jié)果見圖6。
圖5 目標PROTAC分子結(jié)構(gòu)示意圖圖片
來源:DOI:10.1021/acs.jmedchem.0c00793
圖6 optADMET成藥性預測平臺預測結(jié)果圖片
來源:optADMET成藥性預測平臺
可以看到,利用optADMET成藥性預測平臺可以快速預知PROTAC的代謝特征,預知代謝風險。
天智藥成科技(重慶)有限公司自主研發(fā)的optADMET成藥性預測平臺,是一款功能強大的分子成藥性預測工具,能夠為新藥小分子提供吸收、分布、代謝、排泄、毒性等160多項參數(shù)的預測服務,讓您的新藥設計更高效。
參考文獻
1.doi:10.3390/molecules28093698
2.DOI:10.1016/j.drudis.2023.103643
3.DOI:10.1021/acs.jmedchem.0c00793
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